Kā apdzīvota vieta atzīmēta kādā 1798.gada Mellīna izdotajā kartē. Tiek uzskatīts ka ciema nosaukums ir cēlies no sena mājas vārda un zvejnieku dzimtas. Daļa Klapkalnciema zvejnieku sētu piederēja Šlokenbekas muižai. Vietējie iedzīvotāji nodarbojās gan ar zvejniecību, tirdzniecību, rūpniecību, piedalījās kuģu būvniecībā. 1907.gadā Klapkalnciemā darbojusies konservu fabrika, tā savu darbību pārtraukusi 1915.gadā sakarā ar Pirmā pasaules kara darbību .Vietējiem iedzīvotājiem tika dota pavēle atstāt mājas. Daļa ciema iedzīvotāju apmetās Narvas apkārtnē. Ciemā nebija neviena civiliedzīvotāja, tas bija nodots Ķeizariskās Vācijas Jūras kara flotes korpusa karavīru-Somu jēgeru 27.bataljona rīcībā. Iedzīvotāji ciemā atgriezās 1918.gadā. 1929.gadā uzstādīts piemineklis pieciem kritušajiem somu-jēgeru bataljona karavīriem. Otrā pasaules kara gados Klapkalnciemā bija izveidoti vācu armijas nocietinājumi. Laikā no 1944.gada 20.oktobra līdz 1945.gada 4.februārim Klapkalnciema apkārtnē notika vairākas kaujas, starp vācu un padomju armijām( šīm kaujām izveidots piemiņas memoriāls 1984.gadā, atjaunots 2013.gadā). 1939. gadā ciemā uzņēma latviešu kinofilmu “Zvejnieka dēls” ar aktieri Pēteri Lūci galvenajā lomā. 1956. gadā “Zvejnieka dēls” otrā ekranizējuma kadri ar Eduardu Pāvulu galvenajā lomā. Padomju varas gados ciemā no 1954. gadā izveidoja laivu būves cehu, bija pasta nodaļa, zivju apstrādes cehs, mēbeļu ražošanas cehs, kurā pēc pasūtījuma varēja izgatavot mēbeles. 1984. gadā izveidojat piemiņas memoriālu padomju armijai, tika novietots tanks, tautā to sauca par “circeni”. Pēc Latvijas neatkarības atgūšanas tanku noņēma un 1999. gadā nodeva Kurzemes cietokšņa muzejam Zantē. Ciems uz šodienu ir izveidojies kā vasarnieku ciemats.
